自2004年本科建立血液净化室，至今已发展成设备齐全，人员梯队整齐的血液净化中心。尤其是在08年5.12汶川大地震及三鹿奶粉两大突发公共事件中承担主要救治工作，取得突出成绩。本中心现有医护人员共11名，各种血液净化设备6台，本中心目前已获得四川省卫生厅执业准入证书。先后培养来自全国各地儿童血液净化医护人员共64名（天津、武汉、长春、徐州、济南、西安、汉中、河南及四川省内等）。目前，本中心可进行连续性血液净化、血浆置换、血液灌流和血液透析等治疗项目，救治各种原因引起的急、慢性肾功能衰竭（如严重肾小球疾病）、溶血尿毒综合征，各种急性生物毒素（蛇咬伤、蜂蛰伤、毒菌、鱼胆、蛇胆中毒）和药物、农药（有机磷、百草枯）、鼠药中毒、严重脓毒症、全身炎症反应综合症、多器官功能障碍、免疫性疾病（系统性红斑狼疮、过敏性紫癜和皮肌炎等）、格林巴利综合症、肿瘤溶解综合征等儿童，显著提高了危重病人的救治水平及存活率。目前中心已治疗儿科危急重症数千例，病员主要来自重庆、四川、贵州、云南和西藏等省市。2011年血液净化达到1800余人次，能够治疗新生儿至18岁各种年龄段危重病，本血液净化室已成为国内临床应用规模最大、技术领先的儿童血液净化中心之一。